NAFlex. Nucleic Acids Flexibility

Nucleic Acid Analysis - Hydrogen Bond Analysis

Canonical Hydrogen Bond Distances

	1		2		3		4		5		6		7		8		9		10		11		12		13		14		15		16		17		18		19		20		21		22		23		24		25		26		27		28		29		30		31		32		33		34		35		36		37		38		39		40		41		42		43		44		45		46		47		48		49		50		51		52		53		54		55		56		57		58		59		60		61		62		63		64		65		66		67		68		69		70		71		72		73		74		75		76		77		78		79		80		81		82		83		84		85		86		87		88		89		90		91		92		93		94		95		96		97		98		99		100		101		102		103		104		105		106		107		108		109		110		111		112		113		114		115		116		117		118		119		120		121		122		123		124		125		126		127		128		129		130		131		132		133		134		135		136		137		138		139		140		141		142		143		144		145		146		147
5'	A	-	T	-	C	-	A	-	A	-	T	-	A	-	T	-	C	-	C	-	A	-	C	-	C	-	T	-	G	-	C	-	A	-	G	-	A	-	T	-	A	-	C	-	T	-	A	-	C	-	C	-	A	-	A	-	A	-	A	-	G	-	T	-	G	-	T	-	A	-	T	-	T	-	T	-	G	-	G	-	A	-	A	-	A	-	C	-	T	-	G	-	C	-	T	-	C	-	C	-	A	-	T	-	C	-	A	-	A	-	A	-	A	-	G	-	G	-	C	-	A	-	T	-	G	-	T	-	T	-	C	-	A	-	G	-	C	-	T	-	G	-	G	-	A	-	A	-	T	-	C	-	C	-	A	-	G	-	C	-	T	-	G	-	A	-	A	-	C	-	A	-	T	-	G	-	C	-	C	-	T	-	T	-	T	-	T	-	G	-	A	-	T	-	G	-	G	-	A	-	G	-	C	-	A	-	G	-	T	-	T	-	T	-	C	-	C	-	A	-	A	-	A	-	T	-	A	-	C	-	A	-	C	-	T	-	T	-	T	-	T	-	G	-	G	-	T	-	A	-	G	-	T	-	A	-	T	-	C	-	T	-	G	-	C	-	A	-	G	-	G	-	T	-	G	-	G	-	A	-	T	-	A	-	T	-	T	-	G	-	A	-	T	3'
	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|
3'	T	-	A	-	G	-	T	-	T	-	A	-	T	-	A	-	G	-	G	-	T	-	G	-	G	-	A	-	C	-	G	-	T	-	C	-	T	-	A	-	T	-	G	-	A	-	T	-	G	-	G	-	T	-	T	-	T	-	T	-	C	-	A	-	C	-	A	-	T	-	A	-	A	-	A	-	C	-	C	-	T	-	T	-	T	-	G	-	A	-	C	-	G	-	A	-	G	-	G	-	T	-	A	-	G	-	T	-	T	-	T	-	T	-	C	-	C	-	G	-	T	-	A	-	C	-	A	-	A	-	G	-	T	-	C	-	G	-	A	-	C	-	C	-	T	-	T	-	A	-	G	-	G	-	T	-	C	-	G	-	A	-	C	-	T	-	T	-	G	-	T	-	A	-	C	-	G	-	G	-	A	-	A	-	A	-	A	-	C	-	T	-	A	-	C	-	C	-	T	-	C	-	G	-	T	-	C	-	A	-	A	-	A	-	G	-	G	-	T	-	T	-	T	-	A	-	T	-	G	-	T	-	G	-	A	-	A	-	A	-	A	-	C	-	C	-	A	-	T	-	C	-	A	-	T	-	A	-	G	-	A	-	C	-	G	-	T	-	C	-	C	-	A	-	C	-	C	-	T	-	A	-	T	-	A	-	A	-	C	-	T	-	A	5'
	294		293		292		291		290		289		288		287		286		285		284		283		282		281		280		279		278		277		276		275		274		273		272		271		270		269		268		267		266		265		264		263		262		261		260		259		258		257		256		255		254		253		252		251		250		249		248		247		246		245		244		243		242		241		240		239		238		237		236		235		234		233		232		231		230		229		228		227		226		225		224		223		222		221		220		219		218		217		216		215		214		213		212		211		210		209		208		207		206		205		204		203		202		201		200		199		198		197		196		195		194		193		192		191		190		189		188		187		186		185		184		183		182		181		180		179		178		177		176		175		174		173		172		171		170		169		168		167		166		165		164		163		162		161		160		159		158		157		156		155		154		153		152		151		150		149		148

Interactive Sequence (see Help)

Average Results

Results by Time

Nucleotide Number	Hydrogen Bond	Mean	Stdev
7	N1-H3_7-290	6.9081	0.3680
7	H61-O4_7-290	7.2425	0.4834
8	H3-N1_8-289	6.9150	0.3725
8	O4-H61_8-289	7.2401	0.4338
12	H41-O6_12-285	7.0257	0.4656
12	N3-H1_12-285	6.9929	0.3620
12	O2-H21_12-285	7.5448	0.5458
19	N1-H3_19-278	6.8467	0.3678
19	H61-O4_19-278	7.9700	0.5518
21	N1-H3_21-276	6.8904	0.3818
21	H61-O4_21-276	7.4743	0.5865
29	N1-H3_29-268	7.2305	0.5720
29	H61-O4_29-268	8.2896	1.0444
30	N1-H3_30-267	8.5644	1.2210
30	H61-O4_30-267	9.1364	1.2860
33	O6-H41_33-264	7.1120	0.6171
33	H1-N3_33-264	7.1963	0.4016
33	H21-O2_33-264	7.8321	0.6556
34	H3-N1_34-263	7.0037	0.4312
34	O4-H61_34-263	7.0970	0.5081
36	H3-N1_36-261	6.9408	0.3841
36	O4-H61_36-261	7.7556	0.6778
38	H3-N1_38-259	6.7396	0.4206
38	O4-H61_38-259	7.7392	0.5587
43	N1-H3_43-254	6.6161	0.3859
43	H61-O4_43-254	7.3718	0.4754
49	H41-O6_49-248	7.5003	0.5128
49	N3-H1_49-248	6.8509	0.3239
49	O2-H21_49-248	6.9519	0.4876
56	N1-H3_56-241	6.8692	0.8425
56	H61-O4_56-241	7.6043	1.0288
57	N1-H3_57-240	6.7198	0.4398
57	H61-O4_57-240	7.6398	0.5112
64	H3-N1_64-233	6.8533	0.3201
64	O4-H61_64-233	7.4418	0.4875
86	N1-H3_86-211	6.8715	0.3461
86	H61-O4_86-211	7.3544	0.4714
93	H3-N1_93-204	6.5939	0.3655
93	O4-H61_93-204	7.6704	0.4683
94	H3-N1_94-203	6.5500	0.4359
94	O4-H61_94-203	7.1865	0.6064
101	O6-H41_101-196	8.0588	0.5254
101	H1-N3_101-196	7.1445	0.3390
101	H21-O2_101-196	6.7989	0.3988
107	H3-N1_107-190	6.7292	0.3938
107	O4-H61_107-190	7.5266	0.4693
112	N1-H3_112-185	6.6365	0.4086
112	H61-O4_112-185	7.7742	0.5713
114	N1-H3_114-183	6.8247	0.4154
114	H61-O4_114-183	7.6260	0.5275
116	N1-H3_116-181	7.1447	0.4472
116	H61-O4_116-181	7.9349	0.5368
117	H41-O6_117-180	7.2114	0.4076
117	N3-H1_117-180	7.0196	0.3667
117	O2-H21_117-180	7.6549	0.5348
120	H3-N1_120-177	6.7916	0.3603
120	O4-H61_120-177	7.5440	0.5010
121	H3-N1_121-176	6.6820	0.3786
121	O4-H61_121-176	7.3088	0.4565
129	H3-N1_129-168	6.9043	0.3856
129	O4-H61_129-168	7.2641	0.5353
131	H3-N1_131-166	6.8525	0.3740
131	O4-H61_131-166	8.1394	0.5684
138	O6-H41_138-159	6.9380	0.4844
138	H1-N3_138-159	6.7607	0.3194
138	H21-O2_138-159	7.1973	0.5153
142	N1-H3_142-155	6.7981	0.3578
142	H61-O4_142-155	7.3897	0.5399
143	H3-N1_143-154	6.8600	0.3932
143	O4-H61_143-154	7.4818	0.6280
148	N1-H3_148-149	3.7053	0.7095
148	H61-O4_148-149	4.0067	0.6390

Download Raw Data

	Mean	Stdev
101_H21-196_O2-101	6.799	0.399

	Mean	Stdev
116_H61-181_O4-116	7.935	0.537

	Mean	Stdev
12_H41-285_O6-12	7.026	0.466

	Mean	Stdev
12_O2-285_H21-12	7.545	0.546

	Mean	Stdev
121_O4-176_H61-121	7.309	0.457

	1		2		3		4		5		6		7		8		9		10		11		12		13		14		15		16		17		18		19		20		21		22		23		24		25		26		27		28		29		30		31		32		33		34		35		36		37		38		39		40		41		42		43		44		45		46		47		48		49		50		51		52		53		54		55		56		57		58		59		60		61		62		63		64		65		66		67		68		69		70		71		72		73		74		75		76		77		78		79		80		81		82		83		84		85		86		87		88		89		90		91		92		93		94		95		96		97		98		99		100		101		102		103		104		105		106		107		108		109		110		111		112		113		114		115		116		117		118		119		120		121		122		123		124		125		126		127		128		129		130		131		132		133		134		135		136		137		138		139		140		141		142		143		144		145		146		147
5'	A	-	T	-	C	-	A	-	A	-	T	-	A	-	T	-	C	-	C	-	A	-	C	-	C	-	T	-	G	-	C	-	A	-	G	-	A	-	T	-	A	-	C	-	T	-	A	-	C	-	C	-	A	-	A	-	A	-	A	-	G	-	T	-	G	-	T	-	A	-	T	-	T	-	T	-	G	-	G	-	A	-	A	-	A	-	C	-	T	-	G	-	C	-	T	-	C	-	C	-	A	-	T	-	C	-	A	-	A	-	A	-	A	-	G	-	G	-	C	-	A	-	T	-	G	-	T	-	T	-	C	-	A	-	G	-	C	-	T	-	G	-	G	-	A	-	A	-	T	-	C	-	C	-	A	-	G	-	C	-	T	-	G	-	A	-	A	-	C	-	A	-	T	-	G	-	C	-	C	-	T	-	T	-	T	-	T	-	G	-	A	-	T	-	G	-	G	-	A	-	G	-	C	-	A	-	G	-	T	-	T	-	T	-	C	-	C	-	A	-	A	-	A	-	T	-	A	-	C	-	A	-	C	-	T	-	T	-	T	-	T	-	G	-	G	-	T	-	A	-	G	-	T	-	A	-	T	-	C	-	T	-	G	-	C	-	A	-	G	-	G	-	T	-	G	-	G	-	A	-	T	-	A	-	T	-	T	-	G	-	A	-	T	3'
	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|
3'	T	-	A	-	G	-	T	-	T	-	A	-	T	-	A	-	G	-	G	-	T	-	G	-	G	-	A	-	C	-	G	-	T	-	C	-	T	-	A	-	T	-	G	-	A	-	T	-	G	-	G	-	T	-	T	-	T	-	T	-	C	-	A	-	C	-	A	-	T	-	A	-	A	-	A	-	C	-	C	-	T	-	T	-	T	-	G	-	A	-	C	-	G	-	A	-	G	-	G	-	T	-	A	-	G	-	T	-	T	-	T	-	T	-	C	-	C	-	G	-	T	-	A	-	C	-	A	-	A	-	G	-	T	-	C	-	G	-	A	-	C	-	C	-	T	-	T	-	A	-	G	-	G	-	T	-	C	-	G	-	A	-	C	-	T	-	T	-	G	-	T	-	A	-	C	-	G	-	G	-	A	-	A	-	A	-	A	-	C	-	T	-	A	-	C	-	C	-	T	-	C	-	G	-	T	-	C	-	A	-	A	-	A	-	G	-	G	-	T	-	T	-	T	-	A	-	T	-	G	-	T	-	G	-	A	-	A	-	A	-	A	-	C	-	C	-	A	-	T	-	C	-	A	-	T	-	A	-	G	-	A	-	C	-	G	-	T	-	C	-	C	-	A	-	C	-	C	-	T	-	A	-	T	-	A	-	A	-	C	-	T	-	A	5'
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	Mean	Stdev
101_H1-196_N3-101	7.144	0.339

	Mean	Stdev
101_O6-196_H41-101	8.059	0.525

	Mean	Stdev
107_H3-190_N1-107	6.729	0.394

	Mean	Stdev
107_O4-190_H61-107	7.527	0.469

	1		2		3		4		5		6		7		8		9		10		11		12		13		14		15		16		17		18		19		20		21		22		23		24		25		26		27		28		29		30		31		32		33		34		35		36		37		38		39		40		41		42		43		44		45		46		47		48		49		50		51		52		53		54		55		56		57		58		59		60		61		62		63		64		65		66		67		68		69		70		71		72		73		74		75		76		77		78		79		80		81		82		83		84		85		86		87		88		89		90		91		92		93		94		95		96		97		98		99		100		101		102		103		104		105		106		107		108		109		110		111		112		113		114		115		116		117		118		119		120		121		122		123		124		125		126		127		128		129		130		131		132		133		134		135		136		137		138		139		140		141		142		143		144		145		146		147
5'	A	-	T	-	C	-	A	-	A	-	T	-	A	-	T	-	C	-	C	-	A	-	C	-	C	-	T	-	G	-	C	-	A	-	G	-	A	-	T	-	A	-	C	-	T	-	A	-	C	-	C	-	A	-	A	-	A	-	A	-	G	-	T	-	G	-	T	-	A	-	T	-	T	-	T	-	G	-	G	-	A	-	A	-	A	-	C	-	T	-	G	-	C	-	T	-	C	-	C	-	A	-	T	-	C	-	A	-	A	-	A	-	A	-	G	-	G	-	C	-	A	-	T	-	G	-	T	-	T	-	C	-	A	-	G	-	C	-	T	-	G	-	G	-	A	-	A	-	T	-	C	-	C	-	A	-	G	-	C	-	T	-	G	-	A	-	A	-	C	-	A	-	T	-	G	-	C	-	C	-	T	-	T	-	T	-	T	-	G	-	A	-	T	-	G	-	G	-	A	-	G	-	C	-	A	-	G	-	T	-	T	-	T	-	C	-	C	-	A	-	A	-	A	-	T	-	A	-	C	-	A	-	C	-	T	-	T	-	T	-	T	-	G	-	G	-	T	-	A	-	G	-	T	-	A	-	T	-	C	-	T	-	G	-	C	-	A	-	G	-	G	-	T	-	G	-	G	-	A	-	T	-	A	-	T	-	T	-	G	-	A	-	T	3'
	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|	x	\|
3'	T	-	A	-	G	-	T	-	T	-	A	-	T	-	A	-	G	-	G	-	T	-	G	-	G	-	A	-	C	-	G	-	T	-	C	-	T	-	A	-	T	-	G	-	A	-	T	-	G	-	G	-	T	-	T	-	T	-	T	-	C	-	A	-	C	-	A	-	T	-	A	-	A	-	A	-	C	-	C	-	T	-	T	-	T	-	G	-	A	-	C	-	G	-	A	-	G	-	G	-	T	-	A	-	G	-	T	-	T	-	T	-	T	-	C	-	C	-	G	-	T	-	A	-	C	-	A	-	A	-	G	-	T	-	C	-	G	-	A	-	C	-	C	-	T	-	T	-	A	-	G	-	G	-	T	-	C	-	G	-	A	-	C	-	T	-	T	-	G	-	T	-	A	-	C	-	G	-	G	-	A	-	A	-	A	-	A	-	C	-	T	-	A	-	C	-	C	-	T	-	C	-	G	-	T	-	C	-	A	-	A	-	A	-	G	-	G	-	T	-	T	-	T	-	A	-	T	-	G	-	T	-	G	-	A	-	A	-	A	-	A	-	C	-	C	-	A	-	T	-	C	-	A	-	T	-	A	-	G	-	A	-	C	-	G	-	T	-	C	-	C	-	A	-	C	-	C	-	T	-	A	-	T	-	A	-	A	-	C	-	T	-	A	5'
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