BSC1-K (avg+sd)

Table A1. Averages and standard deviations of the intra-basepair helical parameters for all unique trinucleotides present in the miniABC-BSC1-K dataset.
Trinucleotide shear stretch stagger buckle propel opening
AAA 0.15±0.27 0.01±0.11 -0.02±0.39 4.748±10.610 -15.635±7.975 2.561±4.863
AAG 0.12±0.27 0.00±0.11 0.20±0.40 6.778±10.500 -16.590±8.083 3.074±5.174
GAA 0.14±0.28 0.02±0.12 -0.05±0.40 6.461±10.822 -13.772±7.832 2.952±5.338
GAG 0.13±0.28 0.02±0.12 0.08±0.42 2.037±11.564 -11.432±9.314 2.895±5.331
CAA 0.10±0.28 0.01±0.12 -0.04±0.39 8.302±9.804 -8.669±8.269 3.613±4.839
CAG 0.10±0.29 0.02±0.12 0.10±0.39 3.890±9.846 -4.639±8.239 2.857±5.302
TAA 0.12±0.27 0.03±0.13 -0.03±0.40 3.807±10.400 -8.792±8.147 4.750±5.037
TAG 0.14±0.29 0.04±0.13 0.12±0.39 5.262±9.695 -8.449±8.173 3.275±6.160
AAC 0.17±0.27 0.02±0.11 0.18±0.39 7.451±9.231 -15.554±7.358 1.772±4.842
AAT 0.16±0.27 0.03±0.12 0.14±0.39 2.380±9.260 -13.934±7.644 1.926±4.978
GAC 0.16±0.28 0.02±0.12 0.11±0.39 0.852±10.340 -13.817±7.609 1.308±4.928
GAT 0.14±0.27 0.03±0.12 0.05±0.39 -2.528±10.013 -14.349±7.316 1.729±4.980
CAC 0.11±0.28 0.01±0.11 0.06±0.40 1.972±10.395 -10.956±7.971 2.378±4.934
CAT 0.12±0.28 0.02±0.12 0.03±0.39 -1.588±9.228 -14.484±7.573 2.233±4.892
TAC 0.16±0.28 0.03±0.12 0.05±0.39 0.582±10.424 -7.203±8.320 2.297±5.381
TAT 0.11±0.28 0.04±0.13 0.09±0.38 -7.199±9.926 -5.220±8.430 2.647±5.641
AGA 0.08±0.32 0.04±0.11 0.10±0.38 10.641±9.670 -7.812±8.255 1.130±3.296
AGG 0.06±0.31 0.03±0.11 0.27±0.38 10.531±8.722 -6.850±7.968 0.551±3.176
GGA 0.06±0.32 0.03±0.11 -0.05±0.38 7.583±10.182 -6.549±8.526 0.978±3.288
GGG 0.04±0.31 0.03±0.11 0.08±0.39 8.615±9.249 -4.807±8.207 0.466±3.139
CGA 0.02±0.31 0.03±0.11 0.01±0.38 7.199±10.223 -4.796±8.817 1.437±3.169
CGG 0.03±0.31 0.02±0.11 0.16±0.38 7.006±9.850 -6.356±8.601 0.918±3.114
TGA 0.06±0.31 0.04±0.11 0.03±0.36 6.259±9.797 -2.920±8.324 1.541±3.207
TGG 0.00±0.32 0.02±0.11 0.03±0.38 6.910±9.596 -3.042±8.485 1.037±3.341
AGC 0.03±0.31 0.00±0.11 0.21±0.39 -2.060±10.073 -11.018±8.013 0.272±3.217
AGT -0.01±0.31 0.01±0.11 0.18±0.35 -3.410±8.338 -12.932±7.543 0.923±3.158
GGC 0.01±0.30 0.01±0.10 0.02±0.36 -5.883±10.670 -11.010±7.530 0.023±3.051
GGT -0.02±0.31 0.03±0.11 -0.07±0.37 -10.947±9.262 -11.906±7.769 1.192±3.140
CGC 0.02±0.30 0.02±0.11 0.14±0.38 0.758±10.209 -5.253±9.136 0.617±3.094
CGT 0.00±0.31 0.04±0.11 0.07±0.36 -8.602±9.736 -5.675±8.665 1.564±3.177
TGC 0.05±0.31 0.02±0.11 0.04±0.37 0.748±9.848 -4.749±9.065 0.903±3.077
TGT 0.02±0.33 0.05±0.12 0.03±0.36 -8.326±9.670 -2.805±9.193 1.619±3.498
Table A2. Averages and standard deviations of the inter-basepair (or step) helical parameters for all unique tetranucleotides present in the miniABC-BSC1-K dataset.
Tetranucleotide shift slide rise tilt roll twist
AAAA -0.23±0.61 -0.46±0.52 3.37±0.29 -1.567±3.954 0.950±5.135 34.924±5.933
AAAG -0.05±0.69 -0.36±0.50 3.26±0.27 -2.832±3.891 -0.126±5.621 35.789±5.262
GAAA -0.14±0.58 -0.44±0.55 3.32±0.30 -1.320±3.964 1.707±5.264 33.634±5.612
GAAG -0.13±0.67 -0.34±0.53 3.26±0.28 -2.823±3.875 1.114±5.434 34.132±5.690
CAAA -0.49±0.78 -0.12±0.59 3.25±0.27 -2.291±3.952 0.238±5.635 34.897±5.741
CAAG -0.68±0.73 0.03±0.51 3.26±0.26 -3.886±3.782 1.032±5.418 36.612±5.054
TAAA -0.41±0.77 -0.11±0.58 3.33±0.58 -2.758±4.983 2.397±7.654 34.795±6.097
TAAG -0.33±0.72 -0.31±0.63 3.23±0.26 -3.265±3.813 -0.513±5.150 32.511±6.190
AAAC -0.35±0.59 -0.45±0.54 3.34±0.28 -2.893±3.999 0.121±5.330 37.151±4.817
AAAT -0.28±0.54 -0.48±0.49 3.38±0.27 -2.350±3.935 0.232±4.801 37.681±4.141
GAAC -0.12±0.63 -0.45±0.52 3.29±0.28 -2.411±3.881 0.428±5.030 35.066±5.343
GAAT -0.30±0.62 -0.44±0.53 3.37±0.28 -2.703±3.929 -0.132±5.143 37.168±4.442
CAAC -0.75±0.63 0.05±0.48 3.30±0.26 -3.867±3.707 -0.085±5.361 38.013±4.529
CAAT -0.65±0.67 -0.14±0.54 3.32±0.28 -4.091±3.890 0.658±5.602 37.269±4.716
TAAC -1.03±0.65 0.17±0.48 3.24±0.26 -4.138±3.791 0.374±5.538 36.994±4.179
TAAT -0.94±0.61 0.00±0.48 3.33±0.27 -4.088±3.770 1.207±5.259 37.915±3.900
AAGA 0.13±0.73 -0.55±0.58 3.42±0.32 -0.814±3.966 4.048±5.501 33.176±5.140
AAGG -0.11±0.64 -0.82±0.57 3.42±0.30 -1.928±4.041 2.249±5.001 33.947±4.912
GAGA 0.19±0.80 -0.45±0.58 3.30±0.32 -1.183±3.955 3.776±5.887 31.431±5.489
GAGG -0.13±0.81 -0.52±0.60 3.26±0.32 -2.366±4.039 3.419±5.710 32.036±6.062
CAGA -0.17±0.86 -0.36±0.60 3.27±0.31 -2.271±4.136 3.820±5.751 31.717±6.219
CAGG -0.20±0.85 -0.48±0.68 3.20±0.28 -2.876±3.950 0.415±5.491 30.727±6.932
TAGA -0.11±0.89 -0.37±0.57 3.28±0.29 -1.681±3.954 2.724±5.857 32.282±5.559
TAGG -0.28±0.94 -0.29±0.60 3.18±0.27 -2.675±3.894 1.491±5.689 32.635±5.775
AAGC -0.30±0.64 -0.76±0.56 3.46±0.30 -2.526±4.139 2.171±5.184 35.604±4.673
AAGT -0.26±0.54 -1.00±0.50 3.53±0.30 -1.285±4.176 1.936±5.073 36.782±4.020
GAGC -0.16±0.68 -0.74±0.60 3.36±0.32 -2.413±4.033 1.585±5.396 31.560±6.502
GAGT -0.19±0.69 -0.81±0.55 3.46±0.31 -2.498±4.024 2.354±5.045 35.054±4.727
CAGC -0.42±0.75 -0.38±0.59 3.23±0.29 -2.938±4.017 2.024±5.273 32.400±6.436
CAGT -0.67±0.76 -0.34±0.59 3.35±0.28 -3.556±4.002 0.824±5.437 36.904±4.913
TAGC -0.73±0.74 -0.40±0.59 3.36±0.29 -4.314±4.038 3.711±5.669 35.636±4.904
TAGT -0.83±0.79 -0.34±0.61 3.39±0.30 -4.340±4.041 3.484±5.830 35.853±5.297
AGAA -0.19±0.77 -0.21±0.64 3.46±0.31 0.794±4.590 1.261±5.676 37.517±5.785
AGAG -0.34±0.80 -0.02±0.60 3.39±0.28 -1.043±4.384 1.111±5.566 37.695±5.331
GGAA -0.18±0.81 -0.13±0.60 3.36±0.30 0.000±4.667 2.288±5.715 36.320±6.010
GGAG -0.08±0.85 -0.16±0.59 3.30±0.29 -1.130±4.639 1.217±5.743 35.937±5.674
CGAA -0.54±0.83 0.09±0.60 3.38±0.30 -1.257±4.710 2.552±5.616 36.142±5.785
CGAG -0.65±0.84 0.23±0.55 3.31±0.28 -2.488±4.604 1.454±5.496 37.139±5.264
TGAA -0.64±0.82 0.04±0.59 3.32±0.29 -1.635±4.455 2.594±5.774 34.388±6.067
TGAG -0.62±0.82 0.16±0.54 3.33±0.27 -2.292±4.356 1.365±5.511 36.888±5.197
AGAC -0.35±0.68 -0.17±0.59 3.41±0.28 -0.718±4.301 0.500±5.232 38.923±5.037
AGAT -0.34±0.66 -0.34±0.63 3.52±0.29 -0.499±4.418 0.806±5.469 39.651±4.557
GGAC -0.66±0.75 -0.06±0.65 3.28±0.28 -3.632±4.581 1.276±5.507 37.625±5.020
GGAT -0.42±0.72 -0.19±0.62 3.44±0.29 -1.558±4.559 0.837±5.435 39.022±4.581
CGAC -0.83±0.69 0.26±0.53 3.36±0.28 -2.876±4.450 1.418±5.339 37.994±4.735
CGAT -0.58±0.74 -0.05±0.59 3.43±0.29 -1.765±4.628 0.439±5.530 38.902±4.589
TGAC -0.94±0.74 0.18±0.55 3.32±0.27 -3.887±4.286 1.646±5.356 37.124±5.307
TGAT -0.65±0.74 0.06±0.57 3.37±0.29 -2.678±4.531 1.081±5.731 38.545±4.661
AGGA 0.05±0.84 -0.62±0.75 3.56±0.34 2.634±4.699 3.793±5.896 35.737±5.300
AGGG 0.11±0.93 -0.38±0.67 3.40±0.31 1.046±4.647 3.236±5.680 34.279±5.789
GGGA 0.33±0.88 -0.43±0.74 3.44±0.35 1.790±4.515 4.849±6.069 33.140±5.389
GGGG -0.12±0.82 -0.58±0.73 3.45±0.32 0.051±4.540 4.018±5.486 34.732±5.257
CGGA -0.01±1.08 -0.09±0.63 3.39±0.30 0.595±5.085 3.453±6.279 33.871±5.711
CGGG -0.32±0.82 -0.22±0.64 3.42±0.28 -0.308±4.398 2.852±5.299 35.432±4.911
TGGA -0.27±1.00 -0.24±0.66 3.35±0.30 -0.405±4.674 4.736±5.995 32.393±6.326
TGGG -0.38±0.94 -0.10±0.61 3.31±0.28 -1.055±4.550 2.304±5.801 34.785±5.690
AGGC -0.17±0.60 -0.92±0.66 3.64±0.31 0.863±4.251 3.739±5.102 37.397±4.643
AGGT -0.06±0.59 -1.11±0.64 3.68±0.30 1.522±4.267 4.766±4.960 36.348±4.557
GGGC -0.34±0.76 -0.53±0.75 3.47±0.32 -0.610±4.499 3.850±5.230 34.703±4.835
GGGT -0.02±0.69 -0.93±0.68 3.65±0.32 0.135±4.384 3.541±5.261 37.037±4.709
CGGC -0.53±0.80 -0.08±0.57 3.37±0.28 -1.272±4.267 2.424±5.558 35.874±4.840
CGGT -0.56±0.81 -0.29±0.74 3.49±0.31 -1.529±4.590 3.333±5.775 36.360±4.931
TGGC -0.51±0.83 -0.24±0.70 3.41±0.31 -1.329±4.520 2.909±5.594 35.419±4.986
TGGT -0.39±0.89 -0.40±0.81 3.51±0.33 -1.244±4.725 3.563±5.692 36.767±5.095
AGTA 0.45±0.72 -0.55±0.45 3.37±0.26 2.215±3.629 -1.969±5.155 34.340±4.115
AGTG 0.06±0.62 -0.85±0.49 3.45±0.29 2.293±3.840 -1.378±4.966 33.395±4.299
GGTA 0.25±0.82 -0.53±0.46 3.31±0.28 1.505±3.842 -0.768±5.818 33.294±4.878
GGTG 0.05±0.74 -0.53±0.44 3.29±0.27 0.477±3.691 -2.122±5.401 32.996±4.717
CGTA -0.20±0.90 -0.37±0.41 3.23±0.29 0.573±3.962 -0.558±5.799 30.139±5.584
CGTG -0.39±0.73 -0.47±0.43 3.20±0.28 -0.218±3.824 0.272±5.389 29.416±5.107
TGTA -0.64±0.77 -0.42±0.40 3.17±0.27 -0.101±3.712 0.091±5.289 30.084±4.486
TGTG -0.53±0.74 -0.53±0.45 3.24±0.28 0.183±3.939 -1.486±5.456 31.107±4.713
AGTC -0.05±0.59 -0.84±0.43 3.43±0.27 2.018±3.673 -1.463±4.627 33.213±4.156
AGTT 0.02±0.61 -0.86±0.46 3.49±0.27 1.891±3.668 -1.186±4.719 34.610±3.744
GGTC -0.22±0.59 -0.76±0.42 3.41±0.28 0.873±3.751 -0.681±4.854 33.156±4.232
GGTT -0.19±0.62 -0.76±0.42 3.37±0.27 -0.680±3.756 -1.197±4.650 33.271±4.245
CGTC -0.40±0.63 -0.66±0.42 3.40±0.29 0.024±3.821 -1.677±5.072 32.678±4.499
CGTT -0.31±0.57 -0.79±0.44 3.44±0.28 0.251±3.844 -1.081±4.765 32.941±4.337
TGTC -0.58±0.74 -0.52±0.44 3.24±0.29 -0.303±3.867 -0.091±5.337 30.228±4.900
TGTT -0.46±0.75 -0.62±0.48 3.35±0.28 0.111±3.813 -1.437±5.222 33.085±4.195
ATGA 0.55±1.07 0.04±0.58 3.26±0.32 2.631±5.447 6.739±6.880 35.274±6.313
ATGG 0.36±1.15 0.08±0.54 3.22±0.31 1.575±5.478 5.272±6.834 36.451±6.252
GTGA 0.97±0.89 0.09±0.51 3.21±0.30 3.795±5.164 7.693±6.621 33.122±5.994
GTGG 0.53±0.96 0.01±0.52 3.01±0.30 1.083±4.920 6.797±6.190 29.737±7.193
CTGA 0.16±0.98 0.03±0.55 3.02±0.31 1.357±4.947 7.559±6.471 28.895±7.526
CTGG 0.04±1.01 0.04±0.55 3.08±0.31 0.078±5.246 6.029±6.767 32.218±7.133
TTGA 0.32±0.95 0.04±0.55 3.06±0.32 0.280±5.003 8.540±6.766 28.842±7.710
TTGG 0.05±0.91 -0.05±0.55 3.05±0.31 -1.355±4.750 8.056±6.435 28.782±7.373
ATGC 0.78±0.82 -0.03±0.56 3.39±0.32 2.039±4.938 6.328±6.423 37.194±5.055
ATGT 0.81±0.89 -0.14±0.55 3.45±0.33 1.647±5.075 5.435±6.372 38.458±5.600
GTGC 0.70±1.03 -0.03±0.50 3.24±0.30 2.289±5.240 6.186±6.570 34.459±6.184
GTGT 0.58±0.97 -0.06±0.56 3.35±0.34 1.228±5.160 6.470±6.759 36.129±6.426
CTGC 0.31±1.05 0.02±0.56 3.19±0.32 0.374±5.315 6.033±6.767 33.917±7.148
CTGT 0.18±1.05 -0.05±0.59 3.18±0.34 0.325±5.279 6.787±6.758 33.516±7.776
TTGC -0.04±0.90 -0.08±0.56 3.14±0.33 -1.633±4.742 8.125±6.575 30.106±7.461
TTGT 0.24±1.03 -0.06±0.63 3.32±0.34 -1.439±5.464 7.126±6.952 34.126±7.741
AATA 0.18±0.63 -0.85±0.40 3.30±0.26 0.511±3.629 -2.426±4.830 32.071±3.667
AATG 0.12±0.50 -0.90±0.38 3.34±0.26 0.614±3.540 -2.403±4.403 31.937±3.394
GATA 0.22±0.56 -0.84±0.39 3.26±0.26 0.469±3.574 -1.873±4.818 30.350±3.974
GATG 0.16±0.59 -0.78±0.39 3.28±0.27 0.257±3.591 -1.588±5.016 30.719±4.182
CATG -0.02±0.66 -0.70±0.41 3.17±0.27 -0.184±3.675 -0.174±5.236 28.454±4.719
TATA -0.15±0.67 -0.75±0.40 3.22±0.27 -0.199±3.653 -0.578±5.193 29.617±4.465
TATG 0.00±0.75 -0.66±0.40 3.16±0.27 -0.030±3.716 0.233±5.357 28.636±4.668
AATT -0.02±0.48 -0.95±0.38 3.39±0.26 0.108±3.476 -2.452±4.122 32.613±3.369
GATC -0.04±0.50 -0.80±0.36 3.28±0.26 -0.243±3.518 -1.921±4.636 31.247±3.635
GATT -0.05±0.50 -0.89±0.38 3.32±0.26 -0.397±3.611 -2.280±4.401 31.788±3.635
AGCG 0.20±0.63 -0.55±0.53 3.50±0.26 0.459±3.959 -1.087±4.943 36.674±3.946
GGCA 0.43±0.69 -0.58±0.53 3.44±0.30 1.503±4.305 -0.188±5.070 35.163±4.627
GGCG 0.37±0.62 -0.37±0.49 3.40±0.27 0.097±4.071 -0.388±4.847 35.917±4.421
CGCA 0.12±0.77 -0.16±0.47 3.41±0.27 0.425±4.214 -2.113±5.545 35.968±4.873
CGCG -0.04±0.85 -0.32±0.48 3.37±0.29 0.356±4.514 -1.210±5.314 32.001±6.272
TGCA -0.28±0.80 -0.26±0.48 3.37±0.27 -1.100±4.393 -0.782±5.414 34.544±4.758
AGCT -0.14±0.58 -0.69±0.53 3.56±0.26 -0.072±3.878 -0.326±4.786 37.371±3.944
GGCC -0.07±0.60 -0.72±0.48 3.48±0.29 -0.985±4.134 -0.593±4.746 36.502±4.588
GGCT 0.08±0.53 -0.80±0.47 3.56±0.26 -0.787±3.982 -0.856±4.714 37.594±4.131
TGCT -0.57±0.66 -0.42±0.53 3.42±0.28 -2.670±4.111 -0.137±5.128 35.174±4.341
ATAA 0.73±1.12 0.09±0.68 3.29±0.32 3.197±5.174 5.931±7.502 35.559±6.472
GTAA 0.88±1.10 0.10±0.61 3.20±0.31 3.433±5.027 6.551±7.067 34.135±6.444
CTAG -0.13±1.37 0.13±0.62 3.00±0.29 -0.212±5.174 5.788±7.568 31.544±8.089
TTAA -0.52±1.25 0.12±0.71 3.13±0.35 0.161±6.745 8.556±7.754 31.315±8.404
TTAG -0.66±1.19 0.20±0.65 3.09±0.29 -2.582±5.012 6.012±7.650 32.483±7.861
ATAC 0.17±1.23 0.07±0.62 3.27±0.31 0.268±5.291 4.324±7.685 37.504±6.316
ATAT 0.06±0.95 -0.25±0.67 3.54±0.34 -0.384±5.042 4.655±7.790 40.280±5.737
GTAC -0.31±1.30 -0.06±0.60 3.15±0.30 -0.182±5.077 5.930±7.371 32.323±6.959
CTAC -0.83±1.15 0.08±0.63 3.17±0.30 -2.352±5.201 5.869±7.350 34.436±6.906
CTAT -0.28±1.30 0.10±0.62 3.26±0.31 -1.187±5.262 4.967±7.798 36.108±6.775
ACGA 0.43±0.97 0.11±0.60 3.32±0.34 3.599±5.914 6.706±6.436 36.181±6.088
ACGG 0.33±1.05 0.18±0.51 3.21±0.31 1.351±5.965 5.648±6.140 34.940±6.721
GCGA 0.26±1.06 0.15±0.52 3.17±0.33 1.809±6.003 5.924±6.417 33.341±6.887
GCGG -0.07±1.04 0.19±0.51 3.16±0.31 0.072±5.728 4.812±6.397 35.375±6.358
CCGA 0.02±0.93 0.05±0.53 3.03±0.33 1.074±5.566 6.755±6.091 29.951±7.605
CCGG -0.09±0.91 0.11±0.53 2.88±0.32 -0.308±5.201 5.343±5.754 28.397±7.899
TCGA 0.10±0.97 0.09±0.53 3.08±0.33 0.323±5.568 7.420±6.176 29.786±7.384
ACGC -0.19±0.99 0.14±0.51 3.32±0.32 -0.486±5.756 4.887±6.403 37.970±5.687
ACGT 0.35±0.85 0.02±0.52 3.49±0.33 1.344±5.543 5.819±6.510 40.785±5.217
GCGC 0.29±0.99 0.11±0.51 3.23±0.32 1.842±5.736 5.351±6.417 35.702±6.470