BSC1-Na (avg+sd)

Table B1. Averages and standard deviations of the intra-basepair helical parameters for all unique trinucleotides present in the miniABC-BSC1-Na dataset.
Trinucleotide shear stretch stagger buckle propel opening
AAA 0.16±0.28 0.01±0.11 -0.01±0.40 6.102±11.035 -15.549±8.033 2.711±4.892
AAG 0.13±0.27 0.01±0.12 0.20±0.41 8.658±11.036 -16.331±8.125 3.865±5.414
GAA 0.15±0.28 0.03±0.13 -0.03±0.40 7.246±10.692 -13.274±8.056 3.521±5.912
GAG 0.14±0.29 0.02±0.12 0.12±0.43 3.689±12.265 -12.710±8.787 2.783±5.398
CAA 0.11±0.28 0.01±0.12 -0.05±0.38 9.528±9.974 -8.086±8.124 3.526±4.768
CAG 0.15±0.29 0.02±0.12 0.12±0.39 4.445±9.519 -6.146±8.109 2.249±5.255
TAA 0.13±0.27 0.03±0.12 0.00±0.40 4.103±10.160 -7.324±8.175 4.990±5.192
TAG 0.21±0.29 0.04±0.12 0.12±0.37 3.741±9.096 -11.671±9.080 1.107±6.232
AAC 0.18±0.27 0.02±0.11 0.22±0.39 8.790±9.195 -16.299±7.370 1.580±4.884
AAT 0.21±0.26 0.04±0.12 0.09±0.37 2.889±8.732 -16.238±7.489 1.891±4.843
GAC 0.16±0.28 0.02±0.12 0.17±0.40 1.762±10.946 -15.583±7.502 1.426±5.059
GAT 0.19±0.28 0.03±0.12 0.09±0.39 -0.860±9.248 -16.953±7.200 1.593±4.715
CAC 0.13±0.28 0.01±0.11 0.17±0.39 2.437±10.191 -11.606±7.968 2.405±4.941
CAT 0.16±0.28 0.02±0.11 -0.04±0.38 -2.341±9.068 -15.623±7.433 2.219±4.879
TAC 0.18±0.28 0.02±0.12 0.11±0.38 0.392±10.600 -9.080±8.727 1.930±5.363
TAT 0.14±0.28 0.04±0.12 0.09±0.38 -5.153±9.518 -8.274±8.680 2.098±5.480
AGA 0.08±0.32 0.05±0.11 0.10±0.39 11.485±9.710 -6.093±8.695 1.327±3.326
AGG 0.10±0.32 0.04±0.11 0.25±0.38 9.576±8.976 -7.533±8.359 0.711±3.220
GGA 0.06±0.31 0.04±0.11 -0.06±0.38 7.708±9.987 -5.796±8.584 1.182±3.259
GGG 0.07±0.31 0.03±0.11 0.08±0.39 6.024±9.502 -4.881±8.346 0.468±3.131
CGA 0.01±0.31 0.03±0.11 -0.01±0.38 6.236±10.093 -5.117±8.957 1.504±3.128
CGG 0.05±0.30 0.02±0.10 0.08±0.38 5.401±9.642 -4.416±8.597 1.032±3.028
TGA 0.07±0.31 0.04±0.11 0.02±0.36 4.856±9.575 -3.976±8.524 1.659±3.159
TGG 0.02±0.32 0.02±0.11 0.02±0.38 5.719±9.533 -2.964±8.988 1.102±3.265
AGC 0.04±0.31 0.01±0.11 0.23±0.39 -0.397±10.375 -11.344±7.958 0.445±3.254
AGT 0.01±0.32 0.02±0.11 0.19±0.36 -3.717±8.625 -13.485±7.571 0.869±3.223
GGC 0.01±0.31 0.02±0.11 0.11±0.37 -2.983±10.856 -11.401±7.643 0.411±3.089
GGT 0.02±0.32 0.03±0.11 -0.04±0.38 -9.332±9.562 -12.430±8.004 1.355±3.170
CGC 0.01±0.30 0.02±0.11 0.13±0.38 -0.424±10.080 -5.221±9.121 0.671±3.081
CGT 0.04±0.30 0.04±0.11 0.10±0.36 -6.515±9.268 -5.101±9.009 1.407±3.113
TGC 0.05±0.32 0.02±0.11 0.07±0.38 -1.060±9.464 -6.503±9.450 0.789±3.264
TGT 0.08±0.30 0.04±0.11 0.03±0.35 -6.544±8.377 -1.287±8.537 0.892±2.946
Table B2. Averages and standard deviations of the inter-basepair (or step) helical parameters for all unique tetranucleotides present in the miniABC-BSC1-Na dataset.
Tetranucleotide shift slide rise tilt roll twist
AAAA -0.23±0.64 -0.37±0.53 3.38±0.29 -1.721±3.970 1.305±5.502 35.571±5.588
AAAG -0.10±0.75 -0.30±0.52 3.27±0.28 -2.793±3.924 0.192±5.779 35.613±5.379
GAAA -0.12±0.67 -0.37±0.56 3.33±0.30 -1.367±3.970 2.072±5.398 33.485±5.635
GAAG -0.17±0.73 -0.22±0.54 3.25±0.28 -2.579±4.060 1.875±5.554 34.007±5.563
CAAA -0.47±0.80 -0.10±0.59 3.24±0.27 -2.398±3.968 0.516±5.778 34.477±5.761
CAAG -0.61±0.79 0.03±0.52 3.23±0.27 -3.534±3.860 1.151±5.490 35.448±5.400
TAAA -0.36±0.83 -0.11±0.56 3.24±0.27 -2.178±3.920 1.540±5.745 34.412±5.356
TAAG -0.51±0.72 -0.08±0.57 3.21±0.26 -3.388±3.802 0.929±5.208 33.528±5.494
AAAC -0.40±0.62 -0.36±0.56 3.35±0.28 -3.083±4.030 0.329±5.334 37.536±4.822
AAAT -0.37±0.55 -0.44±0.51 3.42±0.28 -2.342±3.894 1.006±4.717 37.600±4.269
GAAC -0.19±0.68 -0.31±0.54 3.29±0.27 -2.362±3.879 0.284±5.067 35.491±5.454
GAAT -0.41±0.65 -0.29±0.52 3.36±0.27 -2.732±3.879 -0.274±4.836 37.874±4.678
CAAC -0.80±0.62 0.15±0.47 3.29±0.26 -4.240±3.683 0.005±5.336 37.987±4.414
CAAT -0.73±0.62 -0.02±0.51 3.33±0.26 -3.951±3.759 0.500±5.292 38.176±4.433
TAAC -1.11±0.58 0.26±0.44 3.25±0.25 -4.533±3.704 -0.807±5.737 37.286±3.770
TAAT -1.22±0.45 0.24±0.37 3.37±0.25 -3.988±3.424 -0.618±4.702 38.040±2.946
AAGA 0.08±0.95 -0.35±0.59 3.36±0.32 -1.377±4.101 3.333±6.141 33.488±5.413
AAGG -0.02±0.79 -0.71±0.61 3.39±0.31 -1.913±4.125 1.834±5.269 34.211±4.884
GAGA 0.10±0.93 -0.38±0.58 3.26±0.31 -1.130±4.112 2.459±6.188 30.840±5.923
GAGG -0.31±0.91 -0.30±0.59 3.24±0.30 -2.545±4.248 2.902±5.848 32.803±6.226
CAGA -0.08±0.95 -0.33±0.61 3.25±0.30 -2.016±4.239 2.674±6.325 31.902±6.106
CAGG -0.19±0.87 -0.37±0.62 3.23±0.28 -2.596±4.012 0.711±5.603 33.336±5.937
TAGA 0.43±1.11 -0.25±0.53 3.28±0.28 -0.671±4.078 -0.740±7.295 33.071±5.090
TAGG -0.06±1.00 -0.32±0.59 3.19±0.27 -1.977±4.098 0.411±5.882 32.923±5.703
AAGC -0.39±0.70 -0.63±0.58 3.47±0.31 -2.943±4.258 2.567±5.410 35.750±4.905
AAGT -0.36±0.67 -0.93±0.56 3.55±0.31 -2.300±4.164 1.892±5.299 37.017±4.600
GAGC -0.24±0.75 -0.62±0.60 3.37±0.32 -2.598±4.208 2.074±5.449 33.660±5.730
GAGT -0.48±0.76 -0.66±0.57 3.50±0.31 -2.614±4.160 2.372±5.052 36.210±4.706
CAGC -0.58±0.77 -0.25±0.58 3.26±0.28 -3.391±4.037 1.433±5.293 34.208±5.572
CAGT -0.81±0.76 -0.21±0.54 3.33±0.28 -4.157±4.001 0.935±5.461 36.917±4.658
TAGC -0.60±0.83 -0.30±0.63 3.30±0.29 -4.466±4.127 2.716±5.579 34.964±5.633
TAGT -0.92±0.68 -0.20±0.58 3.38±0.30 -5.256±4.043 2.160±5.660 37.702±4.115
AGAA -0.31±0.81 -0.12±0.66 3.46±0.31 0.517±4.620 1.916±5.817 37.393±5.593
AGAG -0.26±0.85 0.00±0.58 3.34±0.28 -1.003±4.524 1.233±5.739 36.016±5.822
GGAA -0.12±1.02 -0.08±0.60 3.36±0.30 -0.124±4.884 1.282±6.208 35.740±6.049
GGAG -0.20±0.88 -0.13±0.62 3.31±0.29 -1.164±4.690 1.666±5.801 35.022±6.103
CGAA -0.55±0.83 0.09±0.60 3.32±0.29 -1.508±4.699 2.223±5.490 34.802±6.135
CGAG -0.38±0.92 0.13±0.61 3.29±0.28 -2.277±4.970 1.082±5.560 37.026±5.377
TGAA -0.82±0.75 0.12±0.55 3.32±0.28 -2.188±4.393 2.141±5.784 34.766±5.725
TGAG -0.62±0.80 0.18±0.55 3.31±0.28 -2.526±4.406 0.623±5.707 36.513±5.409
AGAC -0.44±0.69 -0.14±0.63 3.45±0.28 -1.017±4.302 0.372±5.272 38.873±4.763
AGAT -0.69±0.70 -0.05±0.61 3.50±0.28 -1.729±4.416 0.441±5.234 38.868±4.221
GGAC -0.60±0.78 -0.06±0.67 3.31±0.29 -3.762±4.741 0.592±5.406 37.949±5.069
GGAT -0.20±0.79 -0.27±0.59 3.46±0.29 -0.982±4.584 0.441±5.524 39.001±4.709
CGAC -0.93±0.66 0.35±0.51 3.33±0.27 -3.460±4.397 1.712±5.161 37.609±4.509
CGAT -0.60±0.82 0.04±0.60 3.37±0.29 -2.317±4.792 1.165±5.457 37.907±4.592
TGAC -1.11±0.65 0.27±0.50 3.31±0.26 -4.403±4.180 1.394±5.264 37.150±4.451
TGAT -0.78±0.74 0.11±0.55 3.36±0.28 -2.865±4.472 1.335±5.583 37.877±4.565
AGGA 0.23±0.98 -0.37±0.74 3.51±0.33 2.398±4.782 2.381±6.470 35.495±5.111
AGGG 0.30±1.02 -0.18±0.65 3.39±0.30 1.442±4.818 2.209±5.638 34.894±4.914
GGGA 0.19±1.02 -0.16±0.73 3.43±0.32 1.626±4.842 3.377±6.209 33.891±5.234
GGGG -0.05±0.94 -0.42±0.73 3.40±0.32 0.354±4.665 2.407±5.640 34.207±5.920
CGGA -0.39±1.00 -0.01±0.69 3.40±0.31 -0.759±5.043 3.340±5.912 35.256±5.201
CGGG -0.06±0.99 -0.24±0.68 3.43±0.29 0.226±4.740 1.846±5.514 34.834±5.488
TGGA -0.24±1.06 -0.09±0.66 3.34±0.30 -0.232±4.923 3.609±6.429 33.194±5.890
TGGG -0.27±1.02 -0.07±0.68 3.33±0.28 -0.983±4.729 1.910±6.020 34.864±5.791
AGGC -0.32±0.64 -0.71±0.70 3.59±0.31 0.191±4.405 2.502±5.283 37.937±4.804
AGGT -0.22±0.70 -0.92±0.74 3.66±0.31 1.005±4.514 4.054±5.162 36.532±4.608
GGGC -0.42±0.80 -0.37±0.73 3.45±0.32 -1.215±4.478 3.077±5.178 34.999±4.908
GGGT -0.11±0.85 -0.66±0.77 3.58±0.33 0.188±4.625 2.638±5.657 36.779±4.510
CGGC -0.48±0.88 -0.10±0.63 3.39±0.28 -1.482±4.433 2.075±5.368 35.332±5.343
CGGT -0.63±0.83 -0.24±0.76 3.48±0.31 -1.555±4.874 2.804±5.591 36.557±4.543
TGGC -0.67±0.76 -0.21±0.73 3.42±0.31 -1.559±4.602 2.389±5.506 36.250±4.655
TGGT -0.72±0.86 -0.06±0.68 3.44±0.30 -2.426±4.551 2.471±5.972 37.150±4.413
AGTA 0.10±0.79 -0.60±0.43 3.34±0.27 1.757±3.732 -1.975±5.114 32.415±5.165
AGTG -0.13±0.64 -0.77±0.45 3.41±0.29 1.518±3.801 -2.037±4.803 31.833±5.271
GGTA 0.21±0.84 -0.51±0.45 3.34±0.28 1.433±3.894 -1.697±5.775 33.292±4.704
GGTG 0.05±0.82 -0.51±0.45 3.29±0.27 0.425±3.788 -2.293±5.485 32.945±4.583
CGTA -0.66±0.85 -0.32±0.41 3.21±0.27 -0.115±3.835 -1.398±5.725 30.854±4.546
CGTG -0.61±0.78 -0.41±0.42 3.23±0.28 -0.706±3.851 -1.485±6.074 30.104±5.168
TGTA -1.16±0.54 -0.27±0.37 3.22±0.25 -1.075±3.543 -4.825±5.832 31.759±3.819
TGTG -0.64±0.75 -0.45±0.43 3.23±0.28 -0.348±3.895 -1.912±5.717 31.139±4.603
AGTC -0.07±0.58 -0.85±0.43 3.46±0.27 1.806±3.717 -1.158±4.812 33.299±4.022
AGTT 0.06±0.60 -0.82±0.44 3.48±0.26 1.490±3.632 -1.628±4.877 34.845±3.735
GGTC -0.23±0.62 -0.74±0.42 3.40±0.27 0.385±3.714 -1.330±4.837 33.388±4.230
GGTT -0.17±0.64 -0.76±0.42 3.38±0.27 -0.420±3.778 -1.400±4.807 33.732±4.189
CGTC -0.68±0.69 -0.52±0.43 3.30±0.28 -0.707±3.831 -1.652±5.334 31.462±4.437
CGTT -0.33±0.59 -0.76±0.44 3.46±0.29 0.342±3.803 -1.752±4.995 33.916±4.485
TGTC -0.39±0.81 -0.51±0.45 3.30±0.30 -0.094±4.039 -1.111±5.459 30.489±5.536
TGTT -0.41±0.77 -0.66±0.48 3.36±0.28 0.412±3.898 -1.119±5.225 33.147±4.400
ATGA 0.87±1.00 0.06±0.53 3.29±0.31 2.982±5.558 6.951±7.075 35.074±5.863
ATGG 0.42±1.17 0.23±0.56 3.26±0.29 1.271±5.498 4.613±6.693 37.220±5.951
GTGA 1.15±0.82 0.15±0.50 3.26±0.29 4.719±4.946 5.658±6.900 35.159±5.334
GTGG 0.63±1.08 0.07±0.52 3.09±0.31 1.803±5.036 5.184±6.330 32.066±6.896
CTGA 0.09±0.97 -0.01±0.56 3.05±0.31 1.244±4.946 7.561±6.651 29.630±7.262
CTGG 0.53±1.05 0.06±0.53 3.12±0.31 1.383±5.248 5.812±6.784 32.472±6.765
TTGA 0.23±1.05 0.15±0.59 3.12±0.31 -0.113±5.167 7.187±7.150 31.320±8.064
TTGG 0.08±0.97 0.00±0.56 3.10±0.30 -0.966±4.935 7.394±6.515 30.005±7.116
ATGC 0.85±0.89 -0.04±0.54 3.45±0.32 1.502±5.046 5.726±6.489 37.266±4.963
ATGT 1.20±0.72 0.05±0.49 3.45±0.29 3.379±4.847 2.698±6.533 37.496±4.516
GTGC 0.73±0.93 0.05±0.54 3.30±0.29 2.739±5.167 4.856±6.889 36.766±5.688
GTGT 0.38±1.01 0.11±0.55 3.29±0.30 0.884±5.471 6.210±6.790 36.342±5.994
CTGC 0.38±1.06 0.02±0.55 3.20±0.32 0.683±5.242 5.524±7.054 34.111±7.165
CTGT 0.01±1.09 0.00±0.58 3.15±0.32 -0.295±5.194 6.253±6.830 32.689±7.492
TTGC 0.03±0.90 -0.10±0.58 3.14±0.31 -2.112±4.729 7.645±6.599 30.122±7.097
TTGT 0.47±1.08 0.05±0.58 3.30±0.33 0.177±5.401 5.448±7.203 34.542±7.216
AATA 0.15±0.59 -0.87±0.36 3.28±0.24 0.463±3.559 -3.314±4.671 33.017±3.382
AATG 0.05±0.46 -0.87±0.35 3.34±0.24 0.890±3.438 -3.386±4.080 33.035±3.180
GATA 0.20±0.59 -0.84±0.39 3.26±0.26 0.603±3.559 -2.131±4.887 31.301±3.996
GATG 0.07±0.56 -0.79±0.38 3.27±0.26 0.496±3.568 -2.670±4.913 31.202±4.345
CATG -0.06±0.64 -0.75±0.41 3.21±0.26 0.130±3.562 -1.109±5.126 29.922±4.178
TATA -0.19±0.72 -0.70±0.40 3.19±0.26 -0.103±3.688 -0.753±5.267 29.258±4.713
TATG -0.05±0.69 -0.69±0.39 3.17±0.26 0.419±3.731 -0.859±5.198 29.358±4.548
AATT 0.10±0.43 -0.92±0.31 3.33±0.22 -0.101±3.289 -3.174±3.615 33.591±2.745
GATC -0.10±0.55 -0.79±0.36 3.26±0.25 -0.235±3.586 -2.130±4.743 30.654±4.240
GATT 0.03±0.47 -0.89±0.35 3.33±0.25 -0.480±3.485 -3.121±4.192 32.847±3.335
AGCG 0.10±0.60 -0.68±0.53 3.51±0.27 0.766±4.039 -1.374±4.800 36.583±4.194
GGCA 0.54±0.66 -0.48±0.53 3.38±0.29 2.024±4.326 -0.225±5.088 34.434±4.795
GGCG 0.33±0.67 -0.41±0.54 3.39±0.29 0.499±4.264 -0.543±5.028 34.669±4.985
CGCA 0.07±0.87 -0.21±0.49 3.37±0.28 0.255±4.697 -1.596±5.414 34.454±4.920
CGCG -0.02±0.83 -0.29±0.50 3.36±0.28 -0.289±4.670 -1.057±5.230 32.687±5.596
TGCA -0.37±0.86 -0.20±0.45 3.34±0.27 -1.284±4.476 -1.176±5.506 33.578±5.056
AGCT -0.07±0.52 -0.77±0.50 3.59±0.25 -0.023±3.862 -0.686±4.713 37.516±3.896
GGCC -0.08±0.59 -0.69±0.50 3.46±0.29 -0.987±4.173 -0.559±4.804 36.561±4.634
GGCT 0.04±0.49 -0.84±0.43 3.57±0.26 -0.939±4.017 -1.478±4.626 37.839±4.072
TGCT -0.28±0.80 -0.39±0.55 3.43±0.29 -2.490±4.590 -1.363±5.492 33.932±5.698
ATAA 0.80±1.27 0.23±0.62 3.28±0.30 2.328±5.243 3.985±7.152 35.657±5.921
GTAA 1.42±0.67 0.46±0.52 3.19±0.26 5.221±4.346 -0.362±7.623 38.452±5.315
CTAG -0.49±1.23 0.15±0.66 3.03±0.29 -1.159±5.156 4.170±7.970 32.576±8.040
TTAA -0.53±1.20 0.14±0.65 3.14±0.29 -1.135±5.227 6.951±7.988 31.516±7.610
TTAG -0.94±1.12 0.43±0.60 3.13±0.28 -3.399±4.758 1.270±8.621 36.138±7.063
ATAC -0.12±1.36 0.16±0.60 3.29±0.30 -0.825±5.558 2.765±7.516 38.368±5.694
ATAT 0.26±1.14 -0.15±0.70 3.52±0.33 0.047±5.287 4.646±7.593 39.782±5.263
GTAC -0.25±1.33 0.13±0.63 3.19±0.29 -0.696±5.343 4.112±7.385 34.811±6.608
CTAC -1.16±1.08 0.30±0.57 3.20±0.29 -3.131±5.125 3.171±7.522 36.329±6.025
CTAT -0.28±1.33 0.19±0.66 3.28±0.31 -1.398±5.637 3.445±7.701 36.930±6.443
ACGA 0.38±1.10 0.23±0.51 3.35±0.32 2.800±6.104 6.072±6.400 36.942±5.288
ACGG 0.39±1.01 0.16±0.55 3.17±0.31 2.010±5.647 5.069±6.017 33.434±7.192
GCGA 0.34±1.09 0.21±0.52 3.21±0.32 1.926±6.248 5.420±6.586 34.825±6.440
GCGG 0.27±1.11 0.23±0.50 3.19±0.30 1.507±5.949 4.159±6.330 35.133±6.138
CCGA -0.25±1.01 0.11±0.56 3.07±0.31 -0.270±5.753 5.541±6.339 31.491±7.386
CCGG -0.13±0.98 0.14±0.54 2.96±0.32 -0.407±5.382 4.778±6.055 30.265±7.691
TCGA -0.10±1.13 0.25±0.54 3.19±0.32 -0.264±6.405 7.062±6.468 32.430±6.874
ACGC -0.50±0.97 0.16±0.47 3.37±0.31 -2.041±5.764 3.434±6.459 38.350±5.263
ACGT 0.40±0.97 0.10±0.48 3.47±0.31 1.747±5.939 4.375±6.610 39.535±5.051
GCGC 0.21±1.04 0.15±0.49 3.26±0.30 1.431±5.946 4.480±6.430 36.617±5.809