BIGNASim database structure and analysis portal for nucleic acids simulation data


Table S5. Complete structure of data objects showing hierarchical relationships derived from the central tetramer of the Drew-Dickerson dodecamer (A5ATT) 


//Fragment definition
// 5-AATT
//   TTAA
{
    _id:   {n: 5, idSim: ’0001’, idGroup: ’frag1’}, 
    type: ’fragment’, 
    fragment_end: 8, 
    comps: [
	{n: 5, idSim: ’0001’, idGroup: ’AATT’},
	{n: 6, idSim: ’0001’, idGroup: ’ATAT’}, 
	{n: 7, idSim: ’0001’, idGroup: ’TTAA’},
    ]
}
            
//Base pair step definitions
// 5-AA
//   TT
{
    _id:  {n: 5, idSim: ’0001’, idGroup: ’AATT’}, 
    class: ’AATT’, 
    type: ’stepid’, 
    id: ’5-AATT’, 
    comps: [
    	{n: 5, idSim: ’0001’, idGroup’: ’AT’},
	{n: 6, idSim: ’0001’, idGroup’: ’AT’}
    ]
}
// 6-AT
//   TA
{
    _id:   {n: 6, idSim: ’0001’, idGroup: ’ATAT’}, 
    class: ’ATAT’, 
    type: ’stepid’,
    id: ’6-ATAT’, 
    comps: [
	{n: 6, idSim: ’0001’, idGroup: ’AT’},
	{n: 7, idSim: ’0001’, idGroup: ’TA’}
    ] 
}
// 7-TT
//   AA
{ 
    _id:   {n: 7, idSim: ’0001’, idGroup: ’TTAA’}, 
    class: ’AATT’, 
    type: ’stepid’, 
    id: ’7-TTAA’, 
    comps: [
	{n: 7, idSim: ’0001’, idGroup: ’TA’},
	{n: 8, idSim: ’0001’, idGroup: ’TA’}
    ] 
}
            
//Base pair definitions 
// 5-A
//   T
{
    _id:   {n: 5, idSim: ’0001’, idGroup: ’AT’}, 	
    class: ’AT’, 
    type: ’bpid’, 
    id: ’5-AT’, 
    comps: [
        {n: 5,  idSim: ’0001’, idGroup: ’A’},
    	{n: 20, idSim: ’0001’, idGroup: ’T’}
    ] 
}
// 6-T
//   A
{ 
    _id:   {n: 6, idSim: ’0001’, idGroup: ’AT’},
    class: ’AT’, 
    type: ’bpid’, 
    id: ’6-AT’, 
    comps: [
    	{n: 6,  idSim: ’0001’, idGroup: ’A’},  
	{n: 19, idSim: ’0001’, idGroup: ’T’}
    ]
}
// 7-T
//   A 
{
    _id:   {n: 7, idSim: ’0001’, idGroup: ’TA’}, 	
    class: ’AT’, 
    type: ’bpid’, 
    id: ’7-TA’, 
    comps: [ 
	{n: 8,  idSim: ’0001’, idGroup: ’T’},
	{n: 18, idSim: ’0001’, idGroup: ’A’}
    ] 
}
// 8-T
//   A
{
    _id:   {n: 8, idSim: ’0001’, idGroup: ’TA’},
    class: ’AT’, 
    type: ’bpid’, 
    id: ’8-AT’, 
    comps: [
        {n: 8,  idSim: ’0001’, idGroup: ’T’},
	{n: 17, idSim: ’0001’, idGroup: ’A’}
    ] 
}
            
//Base definitions
{
    _id:  {n: 6, idSim: ’0001’, idGroup: ’A’}, 
    class: ’A’, type: ’bid’, id: ’6-A’ 
}   
{
    _id:  {n: 7, idSim: ’0001’, idGroup: ’A’}, 
    class: ’A’, type: ’bid’, id: ’7-A’
}
{
    _id:  {n: 8, idSim: ’0001’, idGroup: ’T’}, 
    class: ’T’, type: ’bid’, id: ’8-A’ 
}
{
    _id:  {n: 9, idSim: ’0001’, idGroup: ’T’}, 
    class: ’A’, type: ’bid’, id: ’6-A’
}
{
    _id:  {n: 17, idSim: ’0001’, idGroup: ’A’}, 
    class: ’A’, type: ’bid’, id: ’17-A’ 
}
{ 
    _id:  {n: 18, idSim: ’0001’, idGroup: ’A’}, 
    class: ’A’, type: ’bid’, id: ’18-A’ 
}
{
    _id:  {n: 19, idSim: 0001’, idGroup: ’T’}, 
    class: ’T’, type: ’bid’, id: ’19-T’ 
}
{
    _id:  {n: 20, idSim: ’0001’, idGroup: ’T’}, 
    class: ’T’, type: ’bid’, id: ’20-T’ 
}